Нго Динь Зьему удалось справиться с противодействием военной элиты, сект каодай и хоахао и партии Дай Вьет, и он был переизбран в 1961 году. Сайгонские власти стремились дискредитировать Вьетминь в глазах его сторонников, которые остались на Юге, но столкнулись с активным военным противостоянием во многих сельских районах, особенно в Кохинхине.
В июле 1965 года должность главы государства занял генерал Нгуен Ван Тхиеу, а должность премьер-министра — генерал Нгуен Као Ки. В 1966 году Собрание приняло одобренную военными Конституцию, которая вступила в силу 1 апреля 1967 года. В сентябре прошли президентские выборы. Нгуен Ван Тхиеу и Нгуен Као Ки по результатам голосования стали соответственно президентом и вице-президентом. В предвыборной кампании не приняло участие около трети населения, живших на территории, подконтрольной НФОЮВ. Тем временем расширялся масштаб боевых действий.
Американские военные советники находились на Юге с 1960 года, тем не менее НФОЮВ был близок к победе. В 1965 году США направили армейские соединения на помощь сайгонским властям, нанесли первые авиационные удары по территории Северного Вьетнама, особенно Ханоя, и усилили бомбардировки в Южном Вьетнаме. НФОЮВ получил военное подкрепление с Севера, помощь которому оказывали СССР и Китай. Американское военное присутствие временно стабилизировало ситуацию, но в начале 1968 года подразделения НФОЮВ и Северного Вьетнама провели боевые операции почти во всех крупных южновьетнамских городах. В мае начались мирные переговоры между представителями США и Северного Вьетнама. Начался постепенный вывод с Юга американских военнослужащих, численность которых на пике войны достигала почти 550 тыс. человек. Летом 1969 года в освобожденных районах Южного Вьетнама была создана народно-революционная администрация. 6-8 июня на Конгрессе народных представителей была провозглашена Республика Южный Вьетнам (РЮВ) и создано Временное революционное правительство. В этом же году умер Хо Ши Мин.
С 1969 по 1971 годы южновьетнамская армия расширила подконтрольную зону. США в это время вывели свои войска из страны, компенсировав эти шаги бомбардировкой с воздуха. В 1971 году Тхиеу был переизбран на должность президента Южного Вьетнама. Весной 1972 года коммунисты начали большое наступление, которое развивалось достаточно успешно, пока не было остановлено действиями американской авиации и контрударами южновьетнамских войск. В ответ США стали чаще осуществлять воздушные налёты и провели минирование северовьетнамских портов, морских и речных путей. В конце года США организовали массированные бомбардировки городов Северного Вьетнама.
27 января 1973 года четыре стороны, вовлеченные в войну, подписали в Париже мирный договор, предусматривающий прекращение огня на Юге, признание 17-й параллели как временной демаркационной линии и выведение из страны американских войск. Был предусмотрен созыв Национального совета и проведение выборов, которые должны были решить судьбу южновьетнамского правительство.
1973—1975 — продолжение войны на юге Нгуеном Ваном Тхиеу. Последние американские соединения оставили Вьетнам в марте 1973 года, но политические статьи договора так и не были выполнены. Сайгонская администрация попыталась собственными силами провести выборную кампанию, против чего выступило Временное революционное правительство, которое предлагало создать трёхсторонний совет. Кроме того, не прекращались боевые действия. В марте 1975 года северовьетнамская армия развернула новое крупное наступление. Через несколько недель она окружила Сайгон. Нгуен Ван Тхиеу подал в отставку 21 апреля, а 30 апреля 1975 года сайгонские войска капитулировали.